邳州历史悠久，可以追溯到人类社会的史前文明。二十世纪中叶，考古工作者陈永清(后任邳州市博物馆副馆长)在邳北平原访古，从村童玩具中发现一柄石斧，寻找到掩埋于荒烟蔓草中的刘林遗址。江苏考古队在此进行两次发掘，共发现墓葬145座，出土玉、石、骨、角、牙、陶器804件。刘林遗址证明，早在公元6000年前，居住在这块依山傍水宝地上的先民，已经创造了中国原始社会新石器时期的文明。

　　此后一年多，又从一柄牛舌状的石斧，让陈永清神差鬼使般地发现了另一处古文化遗址，这是比刘林遗址更具有文化价值的大墩子遗址。属于仰韶文化型，早于花厅遗址，与青莲岗遗址同期。南京博物馆收藏并展示的仰韶文化型彩陶共60件，其中59件是邳州大墩子文化遗址出土的。就是这一批彩陶和同时出土的六千余件玉器、石器、骨器等文物，以无可置疑的证据，将江苏省的文明史上推了3000年!它向世人显示：地处黄河下游的东夷文明，与地处黄河中游的中原文明，在中华文明史上是并驾齐驱的。江苏的文明史因大墩子遗址的发掘而填补了史前的空白。

　　邳为侯国，始于奚仲。《左传·定公元年》：“薛之皇祖奚仲居薛，以为夏车正。奚仲迁于邳，仲虺居薛，以为汤左相。”据《元和姓纂》，奚仲为黄帝之子禺阳之后(六世孙)，为夏禹掌车服大夫。奚仲所迁之邳，即为下邳，其十二世孙仲虺，为汤左相受封于邳，曾将国都迁于薛(上邳)，后又迁回邳。西周初年，武王复封奚仲之后于邳(《续汉书·郡国志》)。邳国是一个大诸侯国，其地当在今苏北邳睢至鲁南邹城一带。

　　奚仲与其后裔受封之邳国，灭于大彭。商外壬(名发)元年，“邳 人、姺人叛”，叛乱持续十三年，至河亶甲(名整)三年，商王借彭伯之力，将叛乱的邳人镇压下去，《竹书》曰“彭伯克邳”。至此，邳国灭亡。

　　战国中期，邹忌被齐威王“封以下邳，曰成侯”。是时下邳属齐国。五十年后，即周赧王三十一年(前284年)，楚国攻取齐淮北之地，下邳归楚国。楚王负刍五年(秦王嬴政二十四年，前223年)，秦灭楚，下邳归秦国。

　　秦灭六国，废分封制，行郡县制，以郡统县。秦置下邳县，属郯郡(一说东海郡)。是邳为县之始。

　　汉因秦制。汉高帝置东海郡(郡治在郯，今山东省郯城县)，领县三十八，下邳为其一。韩信封楚王，楚国建都下邳，下邳为楚国都城，管辖东海郡、会稽郡、泗水郡、薛郡、陈郡五郡，三十六县。西汉时，在今邳州境内，另有良成县(亦属东海郡)和武原县(属楚国)。良成(后作“良城”)，春秋时为侯国，《左传》所谓“晋侯会吴子于良”，即此。

　　东汉，下邳为侯国。《后汉书·郡国志》：下邳国，武帝置为临淮郡，东汉永平十五年(公元72年)更为下邳国，国都置于下邳城领十七城(县)，属徐州刺史部。东汉献帝建安十一年(公元206年)，下邳国除，置为下邳郡，仍隶徐州刺史部。

　　三国魏沿袭汉制，下邳、良成二县隶属下邳郡，武原县属彭城国。此时下邳为郡县治所，又为徐州刺史部治所。

　　西晋，下邳为国。下邳国隶属徐州，下邳国领七城(县)，今邳州境有其二，即下邳与良城(原为良成)。武原县仍属彭城国。

　　东晋南渡，下邳几易其主，先后属赵，属东晋，属前秦、前燕，大抵仍为郡，辖区多变而已。

　　南北朝时，下邳先后属宋、属魏、属梁、属齐、属陈、属周。南朝刘宋，下邳为郡，隶徐州，在宋四十八年。梁武帝普通六年(公元525年)置为东徐州(东徐州治所下邳)，中大通五年(公元533年)改置武州，东魏武定八年(公元550年)置武原郡，北周静帝大象元年(公元579年)改东徐州置邳州，是邳置州之始，隶徐州行台总管府。其间，曾改下邳为“归政”，或分下邳置“归正”，分良城置“开远”，于今邳北置艾山县，后废。

　　隋炀帝大业三年(公元607年)改邳州为下邳郡，下邳郡隶徐州总管府(去“行台”)，下邳郡治所移至宿豫(今属宿迁)。

　　唐初复改郡为邳州，邳州治所下邳县，隶徐州。后去州为县，先后隶泗州、临淮郡，宪宗元和四年(公元809年)改属徐州。

　　北宋实行路、府(军)、县建制。北宋太宗太平兴国七年(公元982年)置淮阳军，淮阳军治所下邳领辖下邳县、宿迁县二县，属京东路。南宋建炎三年(公元1129年)，邳地入金，金宣宗贞祐三年(公元1215年)复置邳州刺史州，属山东西路，后属河南路。金兴定五年(公元1221年)自东平(今山东泰安东平县)移山东行省邳州，邳州省署管辖山东东路、山东西路三个府二十个州，山东行省治所邳州省城遗址至今犹存(今江苏邳州市陈楼镇省城村)。

　　元代，邳州隶河南省归德府，宿睢来属，治所在下邳县。元顺帝至正八年(公元1348年)改属徐州。

　　明太祖洪武元年(1368年)，邳州省县(下邳县并入邳州州治)置为邳州直隶州，隶南京中书省，邳州兼辖宿迁县、睢宁县二县，洪武十五年改属淮安府。

　　清初，邳州隶江南布政使司淮安府，清雍正二年(1724年)升为江苏布政使司直隶州，邳州直隶州治所邳城管辖宿迁县、睢宁县二县。雍正十一年升徐州直隶州为徐州府，邳州直隶州降为邳州散州连同原辖县宿迁县、睢宁县一并改属徐州府。

　　民国肇造，废州府制，邳州(邳州治所邳城)置为邳县(邳县治所邳城)，邳县直属江苏省。民国三年(1914年)，江苏省置五道，邳县属徐海道。民国七年废徐海道，邳县直隶江苏省。民国二十年，邳县属徐州行政督察区。民国二十三年，邳县南部废黄河南岸营地划属睢宁县。民国二十七年(1938年)5月，徐州地区相继沦陷。此后邳县境内，国、共与日伪三方政权并存。邳北地区为八路军游击区，邳南地区有抗日民主根据地。

　　1948年底，邳县全境解放，邳县、睢宁县两县析置邳睢县，邳睢县政府驻土山区(今江苏邳州市土山镇)，隶属皖北宿县专区，1949年5月改属苏北行署区淮阴专区。此时，邳县仅存今邳州地区北部，邳县隶属山东省临沂专区。共和国诞生前夕，由邳县、宿迁县、沭阳县、东海县四县析置新安县(今新沂市前身)。共和国诞生后，于1953年1月恢复江苏省建制，撤销邳睢县并入邳县，原邳睢县所辖双沟、张圩、古邳、张集划入睢宁县，其余大部归邳县(一部分归铜山县)。1954年10月中共邳县县委、县政府机关由邳城(今江苏邳州市邳城镇)迁入原邳睢县猫窝区运河镇(今江苏邳州市运河镇)。邳县隶属徐州专员公署。1983年3月，实行市管县体制，徐州专区撤销，邳县隶属徐州市。1992年7月7日国务院与民政部批准撤销邳县，设立省直辖县级邳州市，江苏省委托徐州市代管至今。